Zakon cystersów został założony we Francji w 1098 roku przez trzech benedyktynów – Roberta, Alberyka i Stefana, którzy wraz ze współbraćmi opuścili swój macierzysty klasztor, by – żyjąc na uboczu – w ciszy i kontemplacji na nowo wcielić w życie regułę benedyktyńską. Miejsce, w którym osiedli, nosiło nazwę Citeaux (z łaciny Cistertium), stąd zapewne nazwa nowego zakonu. Duchowość cysterska szybko znajdowała wielu zwolenników, klasztory powstawały jeden po drugim rozprzestrzeniając się na całą Europę. 

Do podkrakowskiej wsi Mogiła zostali sprowadzeni przez ród Odrowążów już w pierwszej połowie XIII wieku. Cystersi natychmiast rozpoczęli wznoszenie kościoła i budynków klasztornych według pewnych wytycznych, które stosowano w rozwiązaniach architektonicznych innych cysterskich klasztorów. By klasztor był samowystarczalny, powinien posiadać własne stawy rybne i młyny wodne, ziemię pod uprawę. Budynki miały być murowane, funkcjonalne, ale o estetyce dość surowej. Od 1134 roku istniał nawet zakaz stosowania w kościołach cysterskich rzeźb i malowideł przedstawiających ludzi, poza wizerunkiem Chrystusa Ukrzyżowanego, lecz z upływem czasu zasady te rozluźniły się. W Mogile widać to choćby w bogatej ornamentyce ściennych malowideł. Ich autorem jest znany z nazwiska zakonnik wywodzący się z klasztoru w Mogile, Stanisław Samostrzelnik. Malarz, przede wszystkim iluminator ksiąg, który większość życia spędził na możnowładczych dworach, a w Krakowie prowadził własny warsztat. Pod koniec życia wrócił do klasztoru i to wówczas udekorował prezbiterium kościoła, krużganki, a nade wszystko wspaniałą bibliotekę, którą oddano do użytku w 1538 roku.