Wnętrze niewielkiego, częściowo murowanego, a częściowo drewnianego kościoła zachwyca mnogością ornamentów – od najstarszych gotycko-renesansowych, aż po detale współczesne. Każda epoka odcisnęła więc ślady na sylwetce i wnętrzu świątyni, a wprawne oko historyka sztuki może czytać w nich jak w otwartej księdze. Choć parafia istniała w Modlnicy już w I poł. XIV wieku, to jednak obecny kościół został wzniesiony w 1553 roku. Dziewięć lat później ozdobiono go ciekawą polichromią figuralną, którą zresztą w poł. XVIII wieku przykryto lub zaklejono papierem podczas generalnego remontu kościoła. Działo się to po tym, jak Modlnicę splądrowały i zniszczyły wojska szwedzkie. W 1905 roku renesansowe malowidła pokryto polichromią autorstwa Włodzimierza Tetmajera. Dopiero w 1956 roku konserwatorzy dotarli do pierwotnych malowideł i odsłonili je. Warto się im przyjrzeć, szukajcie ich w prezbiterium, na ścianach i stropach nawy, na parapecie chóru muzycznego. Warto też przejść przez drzwi prowadzące do murowanej zakrystii, zwieńczone gotyckim oślim grzbietem – są masywne, okute kratą. Opuszczając zakrystię zauważycie najstarszy zabytek tego kościoła – Matkę Boską Bolesną z Dzieciątkiem. To gotycki obraz tablicowy, czczony od stuleci jako cudowny, dlatego pewnie nie usunięto go stąd wraz ze zmianą wystroju, lecz wpisano w barokowy ołtarz główny. Warto też zwrócić uwagę na wyposażenie kaplicy św. Anny, dobudowanej do kościoła w XVII wieku, dokąd trafiła część renesansowego cyborium prawdopodobnie z katedry na Wawelu. Cyborium, tu wykorzystywane jako tabernakulum, przypisywane jest włoskiemu rzeźbiarzowi Giovanniemu Marii Padovano. Przyjrzyjcie się, jak pięknie jest zdobione!